Votaram contra o pedido da Procuradoria, e a favor do ensino confessional, os ministros Alexandre de Moraes, Edson Fachin, Gilmar Mendes, Dias Toffoli, Ricardo Lewandowski e a presidente do STF, Cármen Lúcia. Os ministros Luís Roberto Barroso, Rosa Weber, Luiz Fux, Marco Aurélio Mello e Celso de Mello concordaram com a ação da Procuradoria e entenderam que as aulas em escolas públicas não poderiam ter conteúdo de apenas uma religião.
O STF analisou uma ação de inconstitucionalidade proposta pela Procuradoria-Geral da República contra o acordo entre o Brasil e o Vaticano e dispositivos da LDB (Lei de Diretrizes e Bases) da Educação, que preveem o ensino religioso nas escolas públicas. O ensino religioso é previsto na Constituição Federal, que diz que “o ensino religioso, de matrícula facultativa, constituirá disciplina dos horários normais das escolas públicas de ensino fundamental”.